مقایسه ساختمان ژنیتیکی نفوس اقوام پشتون و تاجک افغانستان شباهت های بسیار زیاد میان آنها را نشان میدهد که دال بر میراث ژنیتیکی مشترک آنها میباشد. مطالعات بسیار دقیق اخیر احصاییوی بالای نمونه های ژنتیکی دی ان ای نفوس افغانستان (2012م) نشان میدهد که اقوام پشتون و تاجک افغانستان اقوام بومی این سرزمین را تشکیل میدهند. این نتیجه گیری با برداشت تاریخی که تاجکها را اولادهای اعراب زاده شده در خراسان، آسیای میانه و افغانستان امروزی میدانند مغایرت کامل دارد (مراجعه شود به معنی تاجیک در برهان قاطع چاپ سال 1601م و تجدید چاپ تهران ۱۳۳۰ هجری شمسی استاد محمد معین). این نتیجه همچنان میرساند که تیوری قبلی مبنی بر مهاجرت آریایها از شمال قفقاز به افغانستان امروزی و از آنجا به هندوستان نادَرست میباشد. بر اساس این مطالعات ژنیتیکی، اقوام پشتون و تاجک افغانستان از لحاظ ژنیتیک با نفوسهای اقوام شمال و غرب هند بسیار نزدیکتر اند تا اقوام، شرق میانه، شمال قفقاز، اروپا وایران امروزی. این مطالعات برعکس قضیه را ثابت میکند به این معنی که پروسه انتقال وراثت ژنیتیکی از هندوستان به افغانستان به اقوام پشتون و تاجک جریان داشته است.
نتایج این مطالعات در 28 مارچ سال 2012 در ژورنال علمی پلوس یک PLoS One نشر گردید. این مطالعات در سالهای 2005-2012 توسط پروژه ژینوگرافیک مرکز مطالعات منطقوی ژنتیک نفوس برای شرق میانه تحت نظر نشنل جیوگرافیک، آی بی ام و پوهنتون امریکایی بیروت انجام یافته است. در این مطالعات برای اولین بار تنوع کروموزومهای Y “وای” موجود در دی ان ای DNA بزرگترین اقوام افغانستان را مورد بررسی قرار داده و با نمونه های مشابه ژنتیکی از نفوس کشورهای همسایه بشمول هندوستان، پاکستان، ایران، آسیای میانه و کشورهای شمال قفقاز و بالکان مقدونی مقایسه میکند. برعلاوه مطالعات مذکورساختمان ژنتیکی افغانهای مدرن مورد بررسی قرار داده و تنوع ترکیب ژننتیکی آنها را در ارتباط با وقایع شناخته شده تاریخی و حرکات نفوس ممالک همسایه ارزیابی مینماید.
این مطالعات ارتباط بسیار قوی ژنیتیکی اقوام پشتون و تاجک افغانستان را با اقوام شمال و غرب هندوستان ثابت نموده نشان داد که یک ساختمان خاص نفوسی هند و افغان وجود دارد که ازبکها و هزاره ها در آن شامل نیستند. این امر در پروسه جریان ژن از هندوستان به افغانستان بیشتر مشهود است که صرف مربوط به اقوام پشتون و تاجک افغانستان بوده و حداقل از زمان ایجاد اولین مدنیتهای بشری در منطقه در وادی سند و تمدن باختر-مارجِنیا (تمدن اطراف دریای آمو) برقرار بوده است. در حالیکه افغانهای هزاره و ازبک همیشه با لشکرکشیها و توسعه مهاجرتی ترکها و مغولها ارتباط داشته اند.
مطالعات مربوط به این پروژه نشان میدهد که انسانها در سرزمینهای افغانستان امروزی از پنجاه هزار سال به اینسو معیشت داشته اند. تا ختم عصر جمع آوری و شکار و شروع زراعت یعنی بین 12000 تا 8000 سال قبل باشنده گان اولیه ی افغانستان با نفوس شمال و غرب هند، آسیای میانه، ایران ومردم شمال قفقازهمه دارای اجداد مشترک بودند. با شروع عصر زراعت (4000-5000 سال قبل) است که خصوصیات ژنتیکی باشنده گان اولیه سرزمینی که ما افغانستان مینامیم از خصوصیات ژنتیکی مردمان هندوستان و ایران متمایز میگردند. متعاقب آن تکامل و جدایی اقوام و سیستمهای اجتماعی، بخصوص پشتون و تاجک، در افغانستان از عصر تمدن مسی (برونز) یعنی با شروع شهر نشینی پدید میگردد.
همچنان مطالعات این پروژه نشان میدهد که مهاجرتهای تاریخی و لشکرکشیها بالای ساختمان قومی در افغانستان اثرات متفاوت داشته اند. این مطالعات وقوع مهاجرتهای قابل ذکری را که بالای ساختمان ژنتیکی مردم افغانستان اثر قابل توجهی نموده باشد توجیه نمیکند. باآنکه اثرات ژنتیکی محدودی میان اقوام افغانستان و اقوام آسیای میانه بخصوص، فارسها دیده شده اما هیچ ارتباط قابل ملاحظه با مقدونیه و بالکان به مشاهده نرسیده است (با توجه به لشکرکشیهای هخامنشیهای فارس و یونانیهای مقدونی. نویسنده).
مطالعات همچنان نشان میدهد که لشکرکشیهای اعراب در قرن هفتم میلادی و ادعا های مهاجرت و سکونت گزینی اعراب در این سرزمینها، با آنکه از لحاظ فرهنگی تاثیرات عظیمی در منطقه بجا گذاشته است، اما اثرات ژنتیکی این لشکرکشیها بالای نفوس محلی این مناطق به مشاهده نمیرسد.
توزیع جغرافیایی و قومی زبانهای مروج در افغانستان نیز یک پدیده مغلق است. در حالیکه ساختمان ژنتیکی نفوس اقوام هزاره و ازبک را باهم ارتباط میدهد، اما این دو قوم از لحاظ زبانی به دو گروه جداگانه مربوط میشوند. زبان مردم هزاره مانند پشتونها و تاجکها وابسطه به گروه زبانهای هند و آریایی است در حالیکه زبان زبکها مربوط به فامیل زبانهای ترکی میباشد. طوری معلوم میشود که زبان ازبکی مروج در افغانستان وارث مستقیم یک زبان ترکی منقرض شده ایست که در قرن پانزدهم میلادی ایجاد شده بود. این در حالی است که جدایی ارتباطات ژنتیکی میان هزاره ها و ازبکها قبل از این زمان بوقوع پیوسته است.
به نظر نویسنده همچو اختلافهای مشابه را ما در توزیع مذاهب اقوام افغانستان نیز مشاهده میکنیم. در حالیکه پشتونها، تاجکها و ازبکها همه سنی مذهب هستند، در مقابل هزاره ها شیعه مذهب میباشند. این امر نشان میدهد که اختلافات زبانی و مذهبی میان اقوام افغانستان معرف بروز تغییرات فرهنگی در زمانهای متاخر باشند، بخصوص از قرن سیزدهم میلادی به اینطرف با لشکرکشیهای مغولها و ایجاد دولتهای مغولی، تیموری، ایلخانی مغولی در سرزمینهای افغانستان امروزی و ایران امروزی.